孕39周半夜小腹持续疼原因如下：
妊娠39周的时候，如果有下腹部持续的疼痛感，可以考虑是不是假宫缩。假宫缩的特征是宫缩的持续时间不长，间断的时间很久，没有明显的规律性，宫缩的强度也不会增大，通常发生在晚上，早上会消失，服用一些镇静剂可以起到一定的作用。假如有周期性的、逐步增加的下腹痛，时长大约30秒钟，间隔5-6分钟，则应认为这是分娩的信号。