妊娠合并心室间隔缺损可能是遗传、环境、宫内感染、疾病等原因一起的。
1、遗传因素：有先天性室壁缺损的家庭遗传，有兄弟姐妹、父母和子女都有共同的病程。如果一位妈妈的头一次生病，那么她的二次感染几率大约为2%；如果有两个孩子都有心肌缺损，那么再生率将会增加到10%。如果是母亲感染了这种疾病，那么在下一辈中有10%的风险。
2、环境：怀孕2-8个星期是胎儿的主要生长阶段，当心脏大动脉在成形的过程中暴露于某些药物，如锂、苯妥英钠、甾体、大剂量X光等，可能会导致出新这一情况。
3、宫内感染：在妊娠中出现了病毒感染，尤其是风疹、腮腺炎、流行性感冒、柯萨奇病毒等。
4、孕期患病：患有糖尿病的妇女，该情况发生的几率会大大增加，在怀孕初期，病情得到控制，风险会降低。