怀孕40天阴道出血原因如下：
1、缺乏黄体素，黄体素缺乏会导致胎儿在着床过程中不稳定，导致女性出现出血的组织，一般可以通过补充黄体素来改善症状。2、怀孕以后，随着体内的雌激素水平的上升，子宫和胚胎会对子宫颈中的腺体、息肉产生影响，从而导致阴道出血，这与怀流产无关。3、是一种很正常的着床流血现象，是因为在怀孕期间，受精卵在宫壁上的时候，会有一些小的流血现象，这些流血会自行消失，并不会对怀孕产生任何的伤害。