药物流产多长时间能流干净，是没法确定，药物流产适用于怀孕49天以内。如果吃药以后能够看到孕囊并且子宫的蜕膜能够很快流出来，一般流血的时间是在7天以内就会干净。如果流血超过7天，仍然量比较多，有可能就是没有流干净，需要及时到医院去做一下B检查。