习惯性自然流产病因复杂，必须经临床诊断，明确病因后对症治疗才能取得较好的疗效。们一般的检查程序是，夫妇双方染色体检查-子宫和生殖道的检查-排卵监测和黄体功能检查-自身免疫抗体的测定-甲状腺和垂体泌乳素的检查-自身免疫抗体的测定-流产绒毛染色体的检查。但是也有一些病人，常规诊断方法并不能检出流产的原因，这可能与染色体的微量缺失和单个基因的异常有关。