怀孕三个月头疼，可以化验一下血常规，看是不是贫血，脑供血不足疼痛，可以用热毛巾热敷头部，注意饮食，多喝水，多吃蔬菜水果，少吃油腻辛辣的食物，注意休息少活动，按时做孕检，多补充些钙和铁。可以在怀孕11周时做个nt检查一下。一般孕早期由于早孕反应是会有的人有头晕，恶心等情况女性适当的多注意休息，避免剧烈运动等，做好产检，应该慢慢就好了。