霉菌性尿道炎多数是自尿道口逆行进入尿道引起，和个人生殖卫生，不洁性交，包皮过长，包茎等都有直接关系，尤其是新婚期的女性更易感染。其次，尿道损伤，尿道结石，尿道狭窄也会引起尿道炎。同时，导尿，通过尿道的手术操作时无菌措施不严格也会引起尿道炎。