阴茎短小的原因有很多，不仅仅有先天性的原因也有后天性的原因，遗传因素是引起阴茎短小的常见原因，也和体格有一定的关系，一般体格健壮，身材高大的男性生殖器也会发育的大一些，另外在男性出现有隐睾症，内分泌失调，雄性激素分泌不足等的时候都可能会引起阴茎短小。