细菌性龟头炎和真菌性龟头炎的区别主要是由于龟头炎的感染源不同。细菌性龟头炎指龟头感染了细菌引起的局部炎症，而真菌性龟头炎指龟头感染了真菌引起的炎症。对于细菌性龟头炎，要进行分泌物培养，明确哪种细菌后进行抗感染治疗。对于真菌性龟头炎，最常见的为念珠菌感染，需对局部的龟头进行清洁处理。