可以选择手术治疗或者冷冻疗法。手术治疗对于单发、面积小的阴茎肉芽，可手术切除；对巨大阴茎肉芽，可用Mohs氏手术切除。冷冻疗法利用-196℃低温的液体氮，采用压冻法治疗，促进疣组织坏死脱落。本法适用于数量少，面积小的阴茎肉芽。可行1～2次治疗，间隔时间为一周。