非淋菌附睾炎的症状有尿道刺痒，有烧灼感和排尿疼痛，少数有尿频尿道口略微发红。晨起尿道口有少量粘液性分泌物或仅有痂膜口，或裤裆污秽及在小便时会出现尿流分叉的现象。有些需要用手用力挤压才能有分泌物从尿道口溢出。症状与淋菌性尿道炎相似，但程度较轻。部分无症状。