导致隐睾的原因有两种。第一内分泌因素可能是：睾丸分泌雄性激素延迟，或数量不足，靶器官对雄性激素不敏感等。第二解剖学因素可能是：睾丸系带过短，睾丸周围组织粘连，精索血管或输精管过短，腹股沟狭小，阴囊发育不良等，但总的来说，其病因仍不是十分清楚。