造成少精子症的原因很多，一方面可能是睾丸产生精子数少，表现为生精功能低下：而造成睾丸生精功能低下的原因更为复杂，其中环境因素不可忽视。据统计，近几十年世界男子精液中精子数减少约50%，这就可能与环境因素有关。其他睾丸的局部因素和免疫因素，也常可造成少精子症：另一方面则可能是精道的部分阻塞或部分性逆行性射精所致。