睾丸小一般有多种原因，有生理性原因，也有病理性原因。病理性原因较常见，最常见的原因是慢性消耗性疾病、内分泌障碍，比如甲状腺疾病、脑垂体机能减退、持续性高热。病人服用大量雌性药物或性激素、病毒性睾丸炎，如腮腺炎合并睾丸炎，也会导致睾丸萎缩。另外，睾丸梅毒等疾病均可引起睾丸萎缩，以至体积小于正常。