肉芽肿性前列腺炎的治疗应根据不同的病因选用药物、局部理疗或手术治疗。多数病例可只观察，无须处理而自愈，但结节的消失需数月至数年。局部及全身感染严重者需抗感染治疗，通常1～3周可以控制症状。若继发于特异性感染，应针对病原菌予以治疗，如抗结核、抗真菌治疗等。