肉芽肿性前列腺炎的治疗应根据不同的病因选用药物、局部理疗或手术治疗。大多数只需观察，无须处理能自愈，但结节的消失需比较长的时间。局部及全身感染严重者需抗感染治疗，通常1～3周可以控制症状。若继发于特异性感染，应针对病原菌予以治疗，如抗结核、抗真菌治疗等。过敏性肉芽肿病需用类固醇激素治疗；除非有严重的尿路梗阻，常不需手术治疗。若未并发严重的下尿路梗阻，可暂时予以观察，口服消炎药及抗前列腺增生药物。