龟头消炎杀菌药物种类较多，可以分为外用与口服两种。
1.外用：最常被用于龟头消毒的外用产品有碘伏，黄药水和高锰酸钾稀释液，这些产品有良好的杀菌消毒效果，且副作用极少。抗感染用药，敏感抗生素软膏外用为佳。如果细菌感染，可使用百多邦或者红霉素软膏；真菌感染可使用达克宁乳膏治疗；病毒感染可使用阿昔洛韦乳膏或其他药物。有必要对导致龟头炎发生的致病菌选择适当的用药。但当其原因不明确时慎用抗生素。
2.口服：细菌感染可选用庆大霉素、卡那霉素、氧氟沙星；真菌及霉菌感染均可使用阿奇霉素；滴虫感染可使用甲硝唑或者替硝唑治疗；念珠菌感染可应用克霉唑、咪康唑、氟康唑、伊曲康唑治疗；疱疹病毒和其他感染可使用抗病毒药物，如阿昔洛韦和伐昔洛韦。病人应接受专业医生指导服药。
建议可按医嘱服用消炎类药物，以利于龟头炎康复；平时龟头部位要卫生、干燥、尽量不搔抓，穿着宽松透气的棉衣。