沙眼衣原体尿道炎的治疗方法有两种，一种是常规处理，另外一种是药物治疗。
1.常规处理：在日常生活中，多喝水，多排尿，清除体内的炎性因素。要做好自己的卫生工作，尽量不要与他人有直接或间接的接触。对性病的预防和控制进行广泛的宣传。
2.药物治疗：用多西环素、罗红霉素、阿奇霉素、加替沙星等.对披衣菌的生长和增殖有抑制作用。
除了常规治疗、药物治疗之外，还要加强对高危人群的普查与监测，防止传染的扩散。重度沙眼衣原性尿道炎者，可伴发附睾炎，前列腺炎；如果有可能是宫颈炎、输卵管炎、盆腔炎等疾病，需要及时就医。
治疗沙眼衣原性尿道炎分两种，一种是常规治疗，另一种是阿奇霉素，多西环素，罗红霉素等。需要在专业医师的指导下服用这些药物，并且要遵守医嘱服用。
还要定期对泌尿生殖道拭子进行复查，对用药进行合理的调整，以免出现其他的炎症。