对于引起小便疼痛的因素，需进行科学合理的药物治疗。
1.在排尿开始时，若出现明显的刺痛或伴随着排尿困难，那么这种病变通常会发生在尿道中，尤其是在急性尿道炎的情况下。可用土霉素或氟哌酸治疗。
2.当膀胱发生病变时，患者在排尿结束时会感受到疼痛，同时伴随着急性膀胱炎，这是一个常见的症状。针对致病菌属，需精选适宜的抗菌药物以达到最佳效果。在进行药敏测试之前，可以考虑使用复方磺胺甲恶唑、头孢菌素类或喹诺酮类药物以获得更好的疗效。
3.当排尿结束后，明显的疼痛感会持续存在，有时会感到“空痛”，有时即使不排尿也会感到疼痛，这种病变通常发生在尿道或周围器官，例如前列腺炎等。治疗前列腺炎的主流方法是联合应用喹诺酮类药物，如氧氟沙星或左旋氧氟沙星，并辅以非甾体类抗炎药，以改善症状，通常采用消炎痛内服或栓剂。
4.在膀胱和尿道结石的情况下，突然出现排尿中断并伴随着疼痛或尿潴留的症状。治疗方法包括解痉止痛和利尿导尿术，常用于急性泌尿系感染、输尿管上段梗阻及慢性肾功能衰竭患者。可以服用排石药和消炎药。
5.老年男性常伴随着排尿不畅和胀痛，这可能是由于前列腺增生引起的，同时也可能是尿道结石的表现。治疗前列腺增生的药物种类繁多，其中包括α受体阻滞剂，如坦索罗辛、多沙唑嗪等，这些药物能够有效地抑制前列腺增生。