导致尿液呈现深色的因素众多，其中主要源于生理因素：若患者长时间不饮水，且处于强烈的暴晒和运动状态，可能会导致体内水分减少，膀胱中的尿素含量增加，从而在排尿时出现深色尿液。另外，长期生活和工作于潮湿环境里也容易使肾脏功能受到损害。
通常情况下，这种情况是由于生理原因引起的，无需进行特别的治疗，只需增加水分摄入即可缓解症状。使用甲硝唑、奥硝唑等药物后，患者的尿液可能会呈现出深色的色泽。
临床上也经常会看到患者因为长期服用这些药物而造成了尿液颜色加深。此种状况主要源于甲硝唑、奥硝唑等药物的代谢产物进入尿液中，通常在停药后即可逐渐康复。此外，如果患者长期使用此类药物的话还可以引发其他不良反应，包括肾脏损伤、肝功能损害、神经系统损伤以及心血管系统故障等。
患有泌尿系统疾病，如膀胱炎、膀胱癌等，可能导致患者的尿液呈现出深沉的色泽。原因是这类疾病会造成人体体内血液中含有大量的血红蛋白，而红细胞则可以通过血凝来与蛋白质结合形成沉淀从而使其失去流动性，因此也就容易发生尿的变色现象。