小便刺痛出血的原因可能是尿道损伤、尿道感染、尿道结石、特殊感染以及膀胱肿瘤引起的。其中，尿道损伤是最为常见的原因之一，可能是由于碰撞、挤压、碾压等外伤导致尿道挫伤、裂伤、完全或不完全的断裂，引起疼痛、出血、排尿困难等症状。尿道感染是由逆行性的感染所致，细菌、病毒、真菌或多种寄生虫在尿道上皮进行生长繁殖，引起尿道黏膜发生炎症反应，导致尿道炎和膀胱炎。
尿道结石则是由于环境因素、泌尿系统疾病以及全身性病变的影响，引起尿路系统产生结石。特殊感染，如膀胱结核、肾结核，会通过尿液传播到达膀胱出现膀胱结核，患者会有尿频、尿急、尿痛的表现，膀胱结核患者病情加重时，还会有尿道刺痛和尿血的情况。膀胱肿瘤也是可能的原因导致小便刺痛出血的原因之一，但膀胱肿瘤及时就医，由医生综合患者病情、体征等，给予系统性的治疗。