在遗精时，尿道口疼痛可能是由阴茎充血、前列腺炎或精囊炎等引起的。如果是阴茎充血，一般不需要治疗，但在阴茎充血消退后，疼痛症状会逐渐减轻。对于前列腺炎和精囊炎，需要尽早抗感染治疗。患者应多喝水，保持尿道口清洁、卫生，同时足量、足疗程使用抗菌药物和α受体阻滞剂。
如果是由大肠埃希菌、葡萄球菌等致病菌感染引起精囊炎，可以使用阿奇霉素、头孢呋辛等抗菌药物治疗，如果是结核杆菌引起精囊炎，可使用利福平、异烟肼等抗结核的药物治疗。