早晨起床排尿刺痛的原因可能与尿道炎、尿道损伤和膀胱炎有关。尿道炎是由各种病原体引起的尿道感染，常表现为尿急、尿痛和尿频等症状。治疗常采用头孢克肟分散片、盐酸环丙沙星片或盐酸左氧氟沙星片等药物。尿道损伤通常是指尿道受到外伤，常出现血尿、尿痛和排尿困难等症状。
治疗常采用复方石韦胶囊、金钱草颗粒或三金片等药物。膀胱炎一般是指膀胱黏膜发生感染，常表现为尿痛、尿频和尿急等症状。治疗常采用青霉素V钾片、复方磺胺甲噁唑片或甲硝唑片等药物。具体的诊断和治疗应在医生的指导下进行。