男性同房性交时疼痛的常见原因包括：
1.生殖器官畸形，如阴茎弯曲等，可导致性交时疼痛。
2.泌尿系统感染，如膀胱炎、尿道炎，可引起性交时疼痛。
3.性传播疾病，如淋病、生殖器疱疹等，可出现会阴灼痛或阴道壁疼痛。
4.性生活时动作过于粗暴、频繁，可导致同房疼痛，或引起外阴撕裂等损伤。
5.包皮过长、包茎，可导致性生活时阴茎抽插时系带被牵扯导致疼痛，或龟头暴露时疼痛。
6.精神压力大、焦虑、抑郁等心理因素，可导致性交时阴道润滑功能障碍，引起疼痛。
如果出现同房性交疼痛，应及时就医检查明确病因，以免延误病情。