男性阴茎长疙瘩的原因主要有以下几种：
1.皮肤炎症引起，如毛囊炎、皮脂腺炎，可表现为阴茎中后部局限性红斑、丘疹或脓疱。原因系局部卫生不佳，接触污染源导致感染。治疗方法为注意个人卫生，保持局部清洁干燥，可自行恢复。
2.阴茎珍珠丘疹，为无痛的半透明小丘疹，常见于龟头和冠状沟处。部分可终生存在，也有中年后自行消退的情况。无需特殊治疗。
3.系带旁丘疹，形态与珍珠丘疹类似，体积较大，位于系带两侧。亦可不治自愈。
4.出现鸡冠状、菜花样增生的凸起病变，并有继发性蔓延扩大的趋势，考虑为人乳头瘤病毒感染所致的尖锐湿疣。属性病范畴，应立即就医，以免病变继续扩散至其他部位或传染他人。