非淋菌性尿道炎的致病菌大部分是支原体，也可以是衣原体和病毒引起，在有病原体感染的情况下，单纯靠饮食调理，肯定治不好疾病，需要吃抗生素针对支原体的感染。临床上目前认为阿奇霉素对于支原体感染治疗效果比较好，所以如果发现支原体感染，诊断的是非淋菌性尿道炎，通常选用的是阿奇霉素治疗，停药一周以后再去化验支原体是否转阴，转阴了以后就可以停药。
如果没有转阴，治疗还应该继续或者是更换头孢三代的口服药物来进行治疗。需要强调在治疗非淋菌性尿道炎的时候不建议要小孩，一方面是由于吃抗生素不建议要小孩，另一方面是非淋性尿道炎的致病菌、支原体有可能影响胎儿的发育，造成早期流产，所以也不建议要小孩。非淋菌性尿道炎属于性传播疾病，建议妻子也要做检查，最好是夫妻同治。