引起少精症的病因非常多，因此其治疗方法各有不同。对于促性腺功能减退型的性腺功能低下症，可以用外源性的促性腺激素的替代治疗。常见的有人绒毛膜促性腺激素（HCG）和人绝经后促性腺激素（HMG）。对于下丘脑功能不全导致的促性腺激素释放激素缺乏，可以应用他莫昔芬、枸橼酸氯米芬来治疗。对于某些过氧化物超标的一些精子缺乏症，可以用抗氧化剂来治疗，比如谷胱甘肽、维生素E等。