精子畸形率高与胎儿出生畸形是没有关系的。精子畸形率高属于畸形精子症，产生的原因比较多，包括了生殖道感染、精索静脉曲张、精子在附睾中成熟障碍等。这可以导致精子的活力下降，精子的受精功能障碍，所以畸形精子症所引起的是精卵结合能力的下降。导致胎儿畸形的原因比较复杂，可能是是精子和卵子在受精之前就存在遗传物质异常或在受精之后出现基因突变等现象。