治疗性功能的药物和其他大多数的药物一样有治疗作用，同样也是有一定副作用的。治疗勃起功能障碍的5-型磷酸二酯酶抑制剂可能导致头晕头痛、腹泻、阴茎异常勃起等。治疗早泄的5-羟色胺再摄取抑制剂，属于具有抗焦虑的精神病类药物，它可以导致头晕头痛、心悸恶心、嗜睡、不射精、低血压等。当然，以上这些副作用基本是很轻微的。所以，目前临床上常常使用的这些药物总体安全性还是很高的。