霉菌性尿道炎患者可以口服氟康唑或者伏立康唑这些药物进行抗真菌治疗；也可以外用抗真菌的药物来清洗，每天都要进行清洗，这样能够促进感染的痊愈。霉菌性尿道炎的治疗是比较麻烦的，在用药之前最好做一个药物敏感试验，根据实验结果再选择合适的抗真菌药物，而且要有一个足够的疗程，本身霉菌的治疗时间会比较久，所以要有足够的疗程才能够杀灭霉菌。