导致畸形精子症的原因包括了以下几个方面：首先，最常见的是生殖道微生物感染，比如支原体、衣原体等导致的附睾炎等；其次，出现精索静脉曲张可引起睾丸温度升高，睾丸生精功能和附睾精子成熟功能障碍；再者，遗传学因素也可能是引起精子畸形率升高的重要原因，比如染色体核型异常，染色体多态性等；最后，环境污染、吸烟饮酒熬夜等不良生活习惯、接触高温化学放射性物质等也是导致精子畸形率升高的重要因素。