急性附睾炎发生的时候需要卧床休息，托起阴囊，早期可用冰袋冷敷，避免性生活，其主要治疗是抗生素治疗，在使用抗生素前应留取尿样标本，进行细菌培养及药敏试验，常规行衣原体检测，经验性使用头孢类抗生素点滴，加大环内酯类或喹诺酮类抗生素口服，以后根据培养结果选择敏感抗生素，通常静脉给药1-2周后，再口服抗生素2-4周.
对于衣原体感染的患者，可选择大环内酯类或喹诺酮类抗生素口服，疗程2-4周，性伴侣应同时检查。治愈的标准是体温正常，阴囊局部肿痛消失，血常规、尿常规正常，阴囊彩超显示附睾睾丸的血流信号，恢复正常。因此当急性附睾炎发作时需要禁欲，按照药物治疗疗程至少6周，6周后可根据复查结果，如达到治愈标准才考虑进行性生活。