淋菌性尿道炎确诊的主要方法就是在尿液分泌物中找淋球菌。可以将患者尿道分泌物制作成涂片，然后在显微镜下观察涂片，如果能找到大量的革兰染色阴性双球菌，也就是找到了淋球菌，就可以确认为淋菌性尿道炎了。但是在疾病的中后期患者往往经过治疗以后尿道没有太多的分泌物，这个时候可以用棉签蘸取深层尿道的方法来取分泌物，从而增加疾病诊断的阳性率。