膀胱镜检查的体位一般是取截石位，患者仰卧在膀胱镜检查床上，双腿分开放于膀胱镜检查床的支架上，这时患者的外阴和臀部外露，有助于医生的操作。
医生对患者进行常规消毒后，将膀胱镜自尿道进入到膀胱内，由于外阴和臀部紧贴检查床的边缘，操作一般比较方便，并且在观察膀胱时膀胱镜的摆动幅度也比较自由，可以观察膀胱内的任何部位。