尽管隐睾有家族倾向，但总的来说隐睾属于先天性疾病，而非遗传性疾病，其病因至今尚未完全清楚，考虑有以下两个方面：
一、解剖学因素，往往是由于睾丸引带功能异常、机械性梗阻、精索血管异常或者睾丸与后腹膜粘连等问题造成。
二、内分泌因素，主要是由于患者的内分泌失调引起。通常隐睾患者的睾酮水平低于正常人，可垂体促性腺激素并不减少，只是不能正常释放进入到血液循环当中，其可能的原因是甲胎蛋白阻断下丘脑-垂体-睾丸轴。