对于泌尿系统感染首选的抗生素，包括喹诺酮类抗生素，如氧氟沙星，或者二代、三代头孢菌素，还有磷霉素、氨丁三醇这类药物。大多数患者通过这些药物治疗后，一些相对简单的膀胱炎、尿道炎的患者，治疗后尿液可以转阴，临床症状可以得到缓解。
对于相对来说比较复杂的泌尿系统的感染，通常可以根据药敏的结果来进行用药，甚至也可以针对基础疾病进行治疗，如肿瘤、结核、损伤、结石、异物，这些原因会导致反复发作的泌尿系感染。在临床上需要针对原发疾病进行治疗和控制，其感染才能逐渐得到有效的改善和控制。