单纯异位肾的主要临床症状有下腹部腹痛、尿频、尿急，以及消化道功能紊乱等。异位肾很少有受邻近的脏器挤压而引起症状，但也有因尿路感染或可触及的腹部包块而被发现。
1、下腹部疼痛：为持续性隐痛或不适，系肠道受压所致。
2、消化系统功能紊乱：因异位压迫胃肠道，可有恶心、腹胀、便秘等表现。
3、尿频、尿急：多系异位肾压迫膀胱所致。
4、咳嗽、胸痛：肾异位位于胸腔常无症状，少数可有剧烈阵发性咳嗽伴血痰，亦可有活动后或深呼吸时胸痛加重。
5、合并症：如并发膀胱输尿管反流或者肾盂输尿管连接部梗阻，则常有结石、感染、积水等合并症，可表现为肾区胀痛、血尿和脓尿。由于肾脏不在正常位置，因此肾绞痛并不典型。
6、腹部肿块：为不随体位改变而移动、表面光滑、边缘圆钝、质地均匀一致的实性肿块，可借助阴道或直肠指诊检查，更可以明确肿块特点。