肉芽肿性前列腺炎的发病原因尚不十分清楚，可能与感染、系统性疾病有关。本病好发于50～69岁老年男性、泌尿系统先天畸形者、反复发生尿路感染者。近期发生下尿路感染是肉芽肿性前列腺炎的主要诱发因素。
一、主要病因
1、泌尿道反复发生感染：泌尿道反复发生感染引起炎症反应导致导管堵塞，是引起肉芽肿性前列腺炎的常见病因。临床上大约有70%的肉芽肿性前列腺炎有泌尿系统感染史。
2、医源性损伤泌尿系统：经尿道部分切除前列腺、针吸活检前列腺术后、膀胱肿瘤电切后经卡介苗灌注治疗引起泌尿系统损伤坏死造成前列腺增生，肉芽肿性前列腺炎多发生在手术后六个月。
3、特异性感染：主要的病源微生物包括真菌、结核杆菌、布氏克鲁斯菌、梅毒螺旋体等，这些病原微生物感染通常会引起前列腺肉芽肿的形成。
4、系统性疾病：系统性肉芽肿病的患者全身各个器官都可以有肉芽肿性结节，上皮细胞被破坏后，导致细菌毒素与前列腺分泌物入侵到组织内引起前列腺炎症反应，形成肉芽肿性结节。
二、诱发因素
近期发生下尿路感染是肉芽肿性前列腺炎的主要诱发因素，有70%的肉芽肿性前列腺炎继发与下尿路感染。