现代医学对于附睾畸形的治疗主要是无症状的患者无需治疗，有症状的患者，消除诱因。根据病人的病情，对症支持治疗。因为采取的治疗方式不一样，取得的其疗效不一样，其中包括药物治疗、手术治疗、营养治疗以及中医治疗。该疾病的治疗周期根据术后复查情况进行判断，无法确定具体的治疗周期。
一、药物治疗
十一酸睾酮：附睾畸形一般是在患者做不育手术检查时发现，所以药物治疗主要采用服用一些促进精子产生、改善和替代治疗，还有因为男性因睾丸内分泌机能低下所引起的病症的药物，但并非适用所有的患者。常用口服药物为十一酸睾酮，服用此类药物短期内可以改善男性不育症，长期服用会抑制精子生成。副作用有皮疹、痤疮、白细胞减少、水钠潴留、恶心、呕吐、厌食、腹泻等，因此需要在专业的医师指导下服用。
二、手术治疗
1、附睾管输精管吻合术：节段性附睾闭锁患者，首选附睾管输精管吻合术治疗。此手术是在放大10~20倍手术显微镜下，切开扩张的附睾管，先接取附睾管断端流出的液体查找精子。确定存在精子后，用11-0无损伤尼龙线将附睾管与输精管黏膜吻合，一般间断缝合4~6针，然后用9-0无损伤尼龙线行附睾被膜与输精管肌层吻合。
2、睾丸固定术：附睾畸形合并隐睾者，应及时行睾丸固定术。此手术是比较简单的外科手术，在局麻或者全面下尽量松解精索，使其下降阴囊后无张力，且应避免精索血管损伤，以免术后睾丸萎缩。
三、其他治疗
辅助生殖治疗：对于治疗后无法恢复生育功能的患者，如果其睾丸生精功能正常，可进行辅助生殖治疗，帮助患者孕育子代。