阴茎疼痛最常见的原因是生殖器本身的炎症，比如包皮炎、龟头炎等，一般伴有生殖器的红肿热痛，化验尿常规检查排除逆行感染引发尿道炎，口服和外用消炎药一般可以治愈。急性尿道炎，特别是有过不洁性生活史的患者，除了尿道口流脓外可伴有阴茎疼痛不适，分泌物涂片和培养确诊，抗炎治疗可以好转。前列腺炎，除了尿频尿急下腹部坠胀不适，有的患者会伴有生殖器的疼痛，泌尿系彩超及前列腺液常规检查可确诊。泌尿系结石，特别是输尿管下端结石可伴有生殖器的放射痛，泌尿系彩超检查可以确诊。