男性结扎的副作用较小，术后可能发生的疼痛、出血、感染是短期内最常见的副作用，但是一般发生率较低。长期的副作用有结扎局部痛性结节，是指术后一个月以上，在结扎部位可摸到硬结，并有局部的压痛，原因可能是是结扎线头和感染所致的慢性炎症、精液肉芽肿或神经纤维瘤样增生性结节。此外，还有很低的几率会出现附睾淤积症，是由于输尿管阻断后产生的精子不能及时排出，淤积在附睾内，引起附睾的阻塞症状。