睾丸发育不良的原因很多，第一，需要明确是否有隐睾或者滑睾，因为局部睾丸温度过高引起生精功能障碍，引起睾丸发育不良。第二，需要排除病毒性睾丸炎，高烧引起的睾丸组织水肿，腮腺炎合并睾丸炎引起的睾丸纤维化。第三，先天性染色体异常，常见的染色体异常引起的睾丸发育异常是克氏征，染色体是47,xxy。第四，y染色体微缺失，引起的原因是AZF微缺失，造成睾丸生精功能障碍，引起睾丸发育不良。