精子畸形的原因有吸烟，吸烟时间越长，精子畸形的数目就会越来越多。内分泌紊乱，如果是身体内有的相关激素的分泌不调，就会导致畸形率的上升。泌尿生殖系统感染，由于存在泌尿生殖感染疾病，精液中的营养物质就会大大的减少，导致精子发生畸形或是直接死亡。