精子畸形率的分析方法是全精液涂片、染色后观察，无法区分畸形精子是活精子还是死精子，由于精子死亡后可能引起精子变形，尤其是死精子百分率较高时，会出现精子畸形率高的表象；而提取高活力精子会使精子获能，引起精子的一些形态改变，影响对精子形态是否正常的判别。