精子畸形率99不会引起胎儿畸形。世界卫生组织第五版精液分析手册规定，基于严格精子形态分析检查，200个精子中正常形态精子＞4%为正常，如果正常精子数＜4%，即为畸形精子症。畸形精子症形态异常，精子一般受孕功能低下，往往无法自然妊娠。而一旦妊娠，受孕精子一般形态、功能无异常，即使精子形态异常，其携带遗传物质也正常。