阴茎短小的原因在母体怀孕期间因药施用不当，影响雄性激素的分泌，先天不足，缺乏健壮性机能的营养和原素，青少年发育期间，营养不足，内体寒、怕冷、体内阳气不足，性生活过度，患有睾丸炎、隐睾症、睾丸发育不全等症及内分泌不平衡，包皮过长，缺乏生长的必要空间。