阴茎根部疼痛的原因是比较多的，比如前列腺炎、阴茎根部的局部皮肤感染、睾丸附睾炎、精索静脉曲张等都有可能导致出现。建议可以去医院做前列腺彩超和尿常规、前列腺液常规检查，做出明确的诊断。包皮上有疱疹，这要考虑感染了生殖器疱疹或者是普通的疱疹病毒感染，如果有不洁的性生活史，一定要引起重视，及时到医院泌尿外科就诊，通过局部分泌物的培养来确诊。