女性泌尿系感染的鉴别诊断，最常见的是女性的无症状性菌尿，无症状性菌尿就是病人尿常规里有真性细菌，或者没有任何泌尿系感染的症状。化验的时候常常有大肠杆菌，这种细菌可以来自膀胱，可以来自肾脏，可以进行恰当的对症治疗。另外老年女性的尿道综合征也最容易与泌尿系感染相混淆。这种病常常以单纯的血尿或单纯的蛋白尿为主，容易以为是泌尿系感染导致的。血尿和蛋白尿，需要做肾活检可以鉴别。