一些主管男性生殖功能的激素的分泌不足，可直接影响到曲细精管内精子的生成过程，导致精子畸形率升高。当患有精索静脉曲张的时候，常可导致精子发育异常而致畸形，如不成熟精子或尖头精子等。泌尿生殖系统感染是导致精子畸形的重要因素。由于发生泌尿生殖感染疾病的时候，精液中的营养成分会减少，使得精子发生畸形或者死亡。