较小而无症状的囊肿不必治疗，较大的囊肿或有症状的小囊肿可手术治疗。囊肿近尿道膀胱或突入膀胱用经膀胱手术切除或经尿道电切，去除大部分囊肿顶部使其充分引流。腹腔镜切除前列腺囊肿具有组织显露清楚、手术时间短、不易损伤盆腔组织、创伤小、不造瘘、出血少等优点，是治疗向尿道后方及膀胱颈突起的前列腺囊肿的首选方法。对于近尿道或突入膀胱的囊肿，经尿道电切除囊肿则是手术途径。